网信平台官网

    二代16S/18S/ITS测序

    • 产品简介
    • 样本要求
    • FAQ


    二代16S/18S/ITS测序是顺利获得提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目标区域，顺利获得高通量测序技术对目标区域进行测序，检测目标区域的序列变异和丰度，以研究环境微生物多样性及群落组成差异。


    16S rDNA测序: 16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，具有10个保守区和9个高变区，保守区反映生物物种间的亲缘关系，高变区反映物种间的差异。对16S rDNA某个高变区进行测序，用于研究环境微生物中的群落结构多样性。


    18S rDNA测序: 18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，18S rDNA也包含可变区和保守区。对18S rDNA某个高变区进行测序，用于研究环境微生物中真核微生物的群落多样性。


    ITS测序: ITS分为两个区域ITS1和ITS2，ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物 rDNA序列5.8S和28S之间。对ITS1或ITS2进行测序，用于研究环境微生物中真菌群落结构多样性。


       

    核酸样本：


    产品类型文库类型核酸样本送样要求
    二代宏基因组测序350 bp小片段文库样本类型：无蛋白和 RNA 污染的样品
    样品需求量：≥0.5 µg
    样品浓度：≥5 ng/μL

    样品纯度：

    OD260/280=1.6~2.2

    OD260/230=0.8~2.2

    环境样本：


    环境样品种类送样量备注
    土壤类
    		普通土壤250-500 mg/管建议每个样本取3~5管以上备份
    根际土壤
    淤泥/污泥
    粪便类
    		大型动物粪便100-200 mg/管
    小型动物颗粒粪便3粒
    肠道内容物100-200 mg/管
    滤膜类水体滤膜过滤5-10 L
    拭子类拭子类2-3个拭子棉签头/管
    唾液类唾液类2-5 mL
    其他

    		建议样本多制备几份

           
    • Q：扩增子与宏基因组的区别？
      A：
      扩增子测序是目标区域测序，包括16S、18S、ITS测序，关注环境样本中的物种组成，该技术价格较低，实用性强。宏基因组为全基因组测序，不局限于细菌，真菌、病毒等各类物种，主要关注环境样本中的物种组成、功能组成及代谢通路等信息，该技术价格相对较高。

    • Q：不同环境样本数据量要求？
      A：
      简单环境（如粪便、发酵液等）测序数据量一般推荐为5万tags；复杂环境（如土壤、海水）等推荐数据量为10万tags以上。